ภาควิชาวิศวกรรมเกษตร เดิมเป็นคณะหนึ่งของสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล ใช้ชื่อคณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตร โดยได้รับความเห็นชอบและอนุมัติให้จัดตั้งจากคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2533 และเริ่มจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2535 พร้อมทั้งได้ดำเนินการเปิดภาควิชา ทำการสอนใน 2 ภาควิชา คือ

  1. ภาควิชาวิศวกรรมเครื่องจักรกลการเกษตร เปิดสอนสาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องจักรกลเกษตร
  2. ภาควิชาเทคโนโลยีหลังการเก็บเกี่ยวและแปรสภาพ เปิดสอนสาขาวิชาวิศวกรรมหลังการเก็บเกี่ยวและแปรสภาพ

การเรียนการสอนระยะแรกใช้พื้นที่บางส่วนของวิทยาเขตพระนครเหนือ ในปี พ.ศ. 2533 จึงได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ภายในศูนย์กลางสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล อ.ธัญบุรี จ.ปทุมธานี

คณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตรได้ตอบสนองนโยบายการพัฒนาการศึกษาเพื่อขยายการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรีใสสาขาที่มีความพร้อมและเป็นวิชาชีพขาดแคลน คณะฯจึงได้มีส่วนสนับสนุนในการเป็นฐานจัดการเรียนการสอนในหลากหลายสาขาวิชาโดยได้มีมติจัดตั้งภาควิชาเพิ่มขึ้นอีกหลายสาขา เช่น สาขาวิชาการถ่ายภาพและภาพยนตร์ สาขาวิชาเทคโนโลยีการพิมพ์ สาขาวิชาเทคโนโลยีสถาปัตยกรรม สาขาวิชาเทคโนโลยีพัฒนาผลิตภัณฑ์และสาขาวิชาเทคโนโลยีคอมพิวเตอร์เป็นต้น

ด้วยปรัชญาแนวคิดของคณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตรที่มุ่งเน้นจะพัฒนาการเรียนการสอนและงานวิจัยทางด้านวิศวกรรมการเกษตร จึงได้จัดการศึกษาเพิ่มเติมในสาขาวิชาที่เกี่ยวข้องอีก 3 สาขา ใน 3 ภาควิชาได้แก่

  1. ภาควิชาวิศวกรรมอาหาร เปิดสอนสาขาวิชาวิศวกรรมอาหาร
  2. ภาควิชาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม เปิดสอนสาขาวิชาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม
  3. ภาควิชาวิศวกรรมดินและน้ำ เปิดสอนสาขาวิชาวิศวกรรมดินและน้ำ

ภายหลังสถาบันเทคโนโลยีราชมงคลมีการปรับเปลี่ยน โครงสร้างการบริหารงานเพื่อเข้าสู่การเป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี คณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตรได้ปรับองค์กรให้สอดคล้องกับการดำเนินงานของมหาวิทยาลัย โดยได้บริหารงานในรูปแบบภาควิชาภายใต้คณะวิศวกรรมศาสตร์ตั้งแต่ปีการศึกษา 2550  และปัจจุบันเปิดการเรียนการสอนใน 3 สาขาวิชา ได้แก่

  1. สาขาวิชาวิศวกรรมเกษตรอุตสาหกรรม
  2. สาขาวิชาวิศวกรรมอาหาร
  3. สาขาวิชาวิศวกรรมชลประทานและการจัดการน้ำ